Το Ελληνικό Κράτος ίδρυσε το Υπουργείο Αιγαίου και Νησιωτικής Πολιτικής το 1985 με ομόφωνη απόφαση του Ελληνικού Κοινοβουλίου. Το 2004 το Υπουργείο Αιγαίου μετονομάστηκε σε Υπουργείο Αιγαίου και Νησιωτικής Πολιτικής. Το 2009 το Υπουργείο Αιγαίου και Νησιωτικής Πολιτικής συγχωνεύθηκε με το Υπουργείο Υποδομών Μεταφορών και Δικτύων. Από τον Σεπτέμβριο του 2010 η Γενική Γραμματεία Αιγαίου και Νησιωτικής Πολιτικής υπάγεται στο Υπουργείο Θαλασσίων Υποθέσεων Νήσων και Αλιείας.

Η θεσμοθέτηση και λειτουργία της Γενικής Γραμματείας επιβάλει την εναρμόνιση και προσαρμογή της κυβερνητικής πολιτικής στην περιοχή του Αιγαίου. Κύρια δράση της Γενικής Γραμματείας είναι ο συντονισμός και κινητοποίηση των δημόσιων και ιδιωτικών φορέων στα πλαίσια των κυβερνητικών δράσεων στο Αιγαίο.